כוחות כיבוי אש חקרו לפני זמן קצר (חמישי) תקרית חומרים מסוכנים בפנטגון, כך מסרו גורמי כיבוי והצלה של מחוז ארלינגטון.
דובר הפנטגון שון פרנל הודיע כי מערכות הבטיחות של הפנטגון זיהו בעיית "איכות אוויר במתחם", שבעקבותיה ננקטו צעדי זהירות עד להשלמת הערכת המצב. לדבריו, משרד ההגנה האמריקאי הפעיל את נהלי ההגנה המקובלים, ובהם הוראה לשוהים באזור המושפע להישאר במקומם. עוד נמסר כי צוותי חירום נמצאים במקום וערוכים לסייע לעובדי הבניין ולשוהים בו. בשלב זה לא נמסרו פרטים נוספים על מקור הבעיה או חומרתה.
הבניין היה תחת סגר ואנשים פונו מכמה קומות, כך דווח ב-CNN, תוך ציטוט מקורות לא מזוהים. דובר הפנטגון מסר כי זוהו בעיית איכות אוויר המחייבת נקיטת אמצעי זהירות.