האם מתח ראש הממשלה אהוד ברק ביקורת מפורשת על הרב עובדיה יוסף או שמא הסתפק בביקורת מרומזת, מבלי לנקוב בשמו המפורש של הרב? בתום ישיבת הממשלה התגלו גרסאות סותרות לגבי שאלה זו.
בעוד אנשי לשכתו של ברק ואנשי ש"ס טוענים כי הביקורת לא נמתחה ישירות על הרב עובדיה יוסף, טענו שרים אחרים כי במהלך הישיבה נקב ראש הממשלה בשמו של עובדיה במפורש.
לשכתו של ברק אף פירסמה הודעה, ולפיה אמר ברק במהלך הישיבה כי הוא לא יכול שלא לגנות התבטאויות קשות: "אני קורא לשרים ולאנשי הציבור להקפיד על רגישות כדי לגשר על הפערים ולא להרחיב אותם, גם אם הדברים אינם נעשים בכוונה".