הקרב הראשון החשוב של נלסון היה בשנת 1798 על הספינה "אגאממנון", שבו הצליח להביס את הצרפתים בים קורסיקה. בקרב זה איבד את עינו הימנית. ובאותה שנה הוא גם נורה במרפקו הימני והיה הכרח לקטוע את זרועו.
נפוליאון בכיבושיו הציב אתגר קשה לבריטים לאחר שאסף צי גדול בנמל טולון והצליח להגיע אתו עד חופי הים התיכון ולכבוש את מצרים. נלסון שלא הצליח למנוע את מסע הארמדה הצרפתי, הגיע גם הוא בראש הצי הבריטי למזרח התיכון, מצא את הצי של נפוליאון במפרץ אבוקיר שלמול אלכסנדריה וחיסל כמעט את כולו.
נצחון אבוקיר הביא על נלסון תהילה בבריטניה והפך אותו מאז 1798 למפקד הצי המהולל ביותר שידעה בריטניה.