לאחר הסופות בנגב הגיע פינסקר למסקנה ,כי האנטישמיות הנה מחלת נפש הנמצאת בקרב החברה הרוסית, כבשאר החברות באירופה. לפיכך, אין סיכוי כי היהודים יקבלו אמנציפציה. הם צריכים לשאוף לשחרור עצמי ולהקים לשם כך מדינה ליהודים.
רעיון זה פורסם בשנת 1882 בעילום שם תחת השם "אוטואמנציפציה". את רעיונותיו כתב בשפה הגרמנית והרוסית והפך לאחד האישים החשובים בין חובבי ציון.
בשנת 1884 יזם את הוועידה הראשונה של חיבת ציון שהתכנסה בעיירה קאטוביץ שבשלזיה. שם הוא מונה למנהיג חיבת ציון, תפקיד שמילא עד יום מותו.
כמנהיג התנועה הוא לא הצליח להביא להתפתחותה. העלייה שהייתה אז לארץ-ישראל, העלייה הראשונה, הייתה דלה במספר העולים. יחד עם זאת היוותה חיבת ציון את הארגון הראשון ששאף לפתור את בעיית היהודים בארץ-ישראל. ב-1890 קיבל הארגון הכרה פורמלית מהשלטונות הרוסיים. הוא שינה את שמו ל"ועד האודיסאי" ופינסקר הועמד בראשו.
נפטר בשנת 1891 ברוסיה,עצמותיו הועלו לארץ בשנת 1934 ונטמנו במערת ניקנור שעל הר הזיתים בירושלים.