בקונגרסים הציוניים בלט מוצקין כפעיל נמרץ המייצג קבוצה של צעירים שכונתה "הפרקציה הדמוקרטית" והיו חברים בה גם חיים ויצמן, מרטין בובר ואחרים. הוא עמד בראש הפרקציה עד שהודח למעשה על ידי חיים וייצמן.
בוועידת הלסינגפורס ב-1906 תמך בהשלטת "עבודת ההווה",דהיינו, הציונות צריכה לפעול גם בגולה למען היהודים שם.
שימש בתפקידים רבים בתנועה הציונית, בהסתדרות הציונית ובסוכנות היהודית. שימש כראש משרד התנועה הציונית בקופנהגן, שהנהיגה את התנועה הציונית; שימש כנשיא ועד המשלחות היהודיות בפריס בוועידת השלום שלאחר מלחמת העולם שראשונה.
בשנים 1921-1923, שימש כחבר ההנהלה הציונית.
בין השנים 1925-1933 כיהן כנשיא הוועד הפועל הציוני ויו"ר הקונגרסים ה-16 וה-18.
נפטר בשנת 1933, עצמותיו הועלו לארץ בשנת 1934 ונטמנו בירושלים.