ב-1993, עם בחירתו של בעלה לנשיא, הקדישה הילארי את מירב מרצה לרפורמה במערכת הבריאות. היא עמדה בראש צוות המשימה של הרפורמה, והרבתה לפעול למען שיפור תנאי הרווחה והביטוח הרפואי לנזקקים.
ב-1996 פירסמה את הספר "It Takes a Village and Other Lessons Children Teach Us". הספר הפך לרב מכר והגירסה המדובבת שלו זכתה בפרס הגראמי.
קלינטון שימשה כנציגה של רצון טוב מטעם האו"ם בקידום זכויות האדם ומעמד האשה.
הילארי החליטה ליצור בבית הלבן אווירה רשמית פחות וביתית יותר. למשל, כאשר גילתה שברובע המגורים הנשיאותי לא קיים חדר אוכל לא רשמי, היא הסבה אחד המטבחים הצדדים לחדר כזה, ובו הקפידה ששלושת בני המשפחה יפגשו לארוחות משותפות.
בזמן כל שערוריות המין שבעלה היה מעורב בהן, הקפידה הילארי להופיע בציבור כשהיא עומדת לצידו ותומכת בו.