באוטוביוגרפיה שלו, כותב מיל: "את שיכולתי לעשות בכתיבה, עשיתי", אולם מיל שאף ליותר. השאיפה להביא רפורמות ממשיות לא באה על סיפוקה גם כאשר ערך את ה"London Review".
בשנת 1858 פורקה חברת מזרח הודו, וסמכויותיה הועברו לפרלמנט האנגלי.
עוד בשנת 1855 הוצע למיל לייצג את מפלגת העם האירי, אך מיל סירב להצעה נוכח תפקידו בחברת מזרח הודו.
משפורקה החברה, כך מעיד מיל, לא האמין כי קיים האדם שירצה לראותו מייצגו בפרלמנט.
עם זאת, הוא המשיך להביע דיעותיו הליברליות על דפי העיתונות הבריטית. עם פרוץ מלחמת האזרחים באמריקה (1860), תמך מיל באופן גלוי בצפון, כנגד האריסטוקרטיה ובית המלוכה האנגלים, אשר קשורים היו באופן מסורתי לדרום.
ובכל זאת, בשנת 1865, הציג מועמדותו לפרלמנט מטעם ווסטמינסטר. הוא נבחר ומאותו יום ייצג את הנשים, הפועלים והאירים בפרלמנט הבריטי. משך כל שהותו בבית הנבחרים, נותר מיל נאמן לשיטתו הליברלית-רדיקלי.
בשנת 1867 מונה לרקטור אוניברסיטת סנט. אנדרוס.
בבחירות 1868, לא נבחר שנית; מהלכיו הפרלמנטריים הכעיסו שמרנים וליברלים מתונים כאחד. אך דומה שמיל, אשר פיתח יחס אמביוולנטי ומסוייג כמעה למשרתו הפרלמנטרית, נאנח לרווחה עם עזיבתו את בית הנבחרים.