1843 - מערכת הלוגיקה ("System of Logic"); ניסיון לפתח מתודה מחקרית חדשה במסגרת מדעי האדם.
1848 - "עקרונות הכלכלה המדינית והתאמתה לפילוסופיה החברתית" ("Political Economy")
1859 - "על החירות" ("On Liberty"); זהו ספרו המפורסם ביותר של מיל. בספר מביע מיל את השקפתו הליברלית.
1861 - "ממשל של נציגים" ("Representative Government"); הצעות לתיקון המשטר הפרלמנטרי בבריטניה של אותה עת.
1863 - "התועלתיות" ("Utilitarianism"); בספר זה מציג מיל את האתיקה התועלתנית, ומנסה להתמודד עם הסתירות שהותירו קודמיו.
1865 - "בחינת הפילוסופיה של המילטון" (Examination of" Hamilton's Philosophy"); ספר המוקדש למטאפיזיקה. מיל השתייך לאסכולה האמפיריציסטית, והספר נועד, כך נראה לפי האוטוביוגרפיה של מיל, להפריך את הביקורת כנגד האמפיריציזם.
1865 - אוגוסט קומט ופוזיטיביזם ("August Comte and Positivism"); הספר עוסק בבחינת הפוזיטיביזם הקומטי, הוא זרם סוציאליסטי.
1869 - "על הכנעת הנשים" ("Subjection of Women");
1873 - אוטוביוגרפיה
בנוסף פירסם מיל מאמרים בנושאי הדת, החירות, התועלתיות ועוד.