פרשה זו החלה בשנת 1954 בעקבות כשלון של פעולה בטחונית. 11 יהודים מצריים נעצרו בחשד להנחת פצצות במרכזים שונים בקהיר ובאלכסנדריה, והואשמו בכך שפעלו מטעם שירותי הבטחון הישראלים תוך מטרה לחבל ביחסים בין מצרים והמערב בזמן הדיונים בין מצרים ובריטניה לפינוי תעלת סואץ. על שניים מהם מגזר עונש מוות ושישה אחרים נשפטו לתקופות מאסר ארוכות.
ראש הממשלה, משה שרת לא קיבל דיווח על המבצע וגם לבון טען כי לא ידע על כך דבר. ראש אמ"ן אל"מ ג'יבלי הצהיר שקיבל הוראה בע"פ מלבון לבצע את הפעולה. הרמטכ"ל משה דיין ראה גם הוא בלבון אחראי. מונתה ועדת חקירה שלא הצליחה לוודא את דבריו של אל"מ ג'יבלי.
כתוצאה מפרשה זו התפטר לבון בפברואר 1955 ובן גוריון חזר לכהן כשר הבטחון.